大学究竟要培养什么样的博士生？清华大学研究生院主管研究生培养的高虹副院长说：“博士生的培养目标是培养具有很强的专业能力和创新能力的高素质学术型人才，博士毕业生中的相当一部分应在高等学校、研究机构等部门从事研究工作，他们应该具备宽厚的学科专业知识和技能，善于梳理和提出问题，能独立从事研究工作，并作出创造性贡献。此外，他们还应有良好的科学精神和学术道德，以及很强的团队精神和沟通能力，不但能做出研究结果，还能够向同行甚至外行清楚地表达思想，具有较高的文字表达和语言表达能力。”
清华大学信息科学技术学院副院长牛志升教授则特别强调“创造”二字，他说：“大学对于国家和社会要担负两方面的责任：一个是传授知识，其中包括一些社会服务型的培训，但这并不是大学独有的，中学、小学也都能够做到；另一个是创造知识，这才是大学最重要的而且是不可推卸的责任。在大学里，创造知识的主体就是博士生。创造能力在博士生培养目标中的重要性显而易见。”
清华大学电子工程系副主任王希勤教授认为，哲学思维是博士生培养目标的核心：“培养博士生的目标完全不同于本科生和硕士生。本科生只要学会解决一些相对明确的问题就足够了，硕士生能够解析并与人合作去探讨分析问题就可以了，而博士生所面临的问题就是连问题都没有，也就是说，博士生面对的是一个研究的方向，而具体的科研课题要自己来探索、发现和定义。从这一点来说，就是要培养博士生具有一种哲学思维，能够从哲学的层面去思考和发现问题，学会用辩证的、发展的观点来分析问题。”
清华大学访问教授、联合国大学新技术研究所（UNU/INTECH）荣誉高级研究员顾淑林教授更关注博士生素质：“我希望能从我的学生身上看到这样两种素质：一个是系统的独立思考能力，一个是探索知识的能力和激情。从目前的情况来看，同时具有这两种素质的博士生的比例并不是很高。导致这一问题的原因有很多，教育体制、博士生导师和博士生本身的因素都有。同时，除了科研方面的素质外，我们的博士生还要有强烈的社会责任感和忧国忧民的情怀。或许一个学生读博的初衷有些功利，或许并非出于对学术研究的热情，或许他不够关心国家大事，但是如何正确地引导博士生，如何向我们的培养目标靠近，这正是我们的博士生教育所应该担负的责任。”